| 名次 | 片名 | 累计票房 (日圆) |
发行公司 | 上映日期 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 戈德战纪 （ゲド戦記） |
76.5亿 | 东宝 | 7.29 |
| 2 | 海猿2 （LIMIT OF LOVE 海猿） |
71亿 | 东宝 | 5.6 |
| 3 | 有顶天饭店 （THE 有頂天ホテル） |
60.8亿 | 东宝 | 1.14 |
| 4 | 日本沉没 （日本沈没） |
53.4亿 | 东宝 | 7.15 |
| 5 | 男人的大和 （男たちの大和／YAMATO） |
50.9亿 | 东映 | 05.12.17 |
| 6 | 死亡笔记 最后的名字 （デスノート／the Last name） |
50亿 | WARNER | 11.3 |
| 7 | 剧场版 口袋妖怪 （劇場版ポケットモンスター） |
34亿 | 东宝 | 7.15 |
| 8 | 机器猫 大雄的恐龙2006 （ドラえもん のび太の恐竜2006） |
32.8亿 | 东宝 | 3.4 |
| 9 | 泪光闪闪 （涙そうそう） |
30.6亿 | 东宝 | 9.30 |
| 10 | 名侦探柯南 侦探们的镇魂歌 （名探偵コナン／探偵たちの鎮魂歌） |
30.3亿 | 东宝 | 4.15 |
| 11 | 死亡笔记 前篇 （デスノート 前編） |
28.5亿 | WARNER | 6.17 |
| 12 | 明日的记忆 （明日の記憶） |
22亿 | 东映 | 5.13 |
| 13 | 圈套 剧场版2 （トリック 劇場版２） |
21亿 | 东宝 | 6.10 |
| 14 | 县厅之星 （県庁の星） |
20.3亿 | 东宝 | 2.25 |
| 15 | Brave Story （ブレイブ ストーリー） |
19亿 | WARNER | 7.8 |
| 16 | 翡翠森林狼与羊 （あらしのよるに） |
18.8亿 | 东宝 | 05.12.10 |
| 17 | 小狐狸海伦 （子ぎつねヘレン） |
18亿 | 松竹 | 3.18 |
| 18 | 木更津猫眼 世界系列 （木更津キャッツアイ／ワールドシリーズ） |
17亿 | ASMIK-ACE | 10.28 |
| 19 | 蜡笔小新 （クレヨンしんちゃん） |
13.8亿 | 东宝 | 4.15 |
| 20 | UDON （うどん） |
13.6亿 | 东宝 | 8.26 |
| 21 | 惹人厌的松子的一生 （嫌われ松子の一生） |
13.1亿 | 东宝 | 5.27 |
| 22 | 夏威夷女郎 （フラガール） |
13亿 | CQN | 9.23 |
| 23 | 书信 （手紙） |
12亿 | GAGA USEN | 11.3 |
| 24 | 博士的爱的数式 （博士の愛した数式） |
11亿 | ASMIK-ACE | 1.21 |
| 25 | Check It Out Yo!! （チェケラッチョ!!） |
10.8亿 | 东宝 | 4.22 |
| 26 | 太阳之歌 （タイヨウのうた ） |
10.3亿 | 松竹 | 6.17 |
| 27 | 胡子的乐园 （バルトの楽園 ） |
10亿 | 东映 | 6.17 |
PS1：统计范围，2005年12月1日~2006年11月30日在日本上映的票房超过10亿的本土电影
PS2：此排行榜为根据多方信息汇集而成的粗略估算版，并不完全精确，精确版要等日本映画製作者連盟在明年1月发布
